L'Agenzia collabora con diversi soggetti pubblici e privati per svolgere i suoi compiti istituzionali.

Opera in stretta sinergia con l’Agenzia per le erogazioni in agricoltura (Agea), l’Organismo pagatore nazionale, per l’applicazione coordinata della normativa europea.

L’Agenzia delega alcune funzioni a soggetti pubblici e privati, come previsto dalla normativa europea vigente. Ormai consolidati, sono i rapporti con alcuni organismi delegati, quali i settori centrali regionali della DG Agricoltura, Caccia e Pesca e i Centri di Assistenza Agricola (CAA), i quali rappresentano l’immediata interfaccia dell’Agenzia nel territorio e il primo contatto con le imprese agricole regionali.