L’Agenzia svolge le funzioni di Organismo pagatore degli aiuti finanziari erogati dal Fondo europeo agricolo di garanzia (FEAGA) e del Fondo europeo agricolo di sviluppo rurale (FEASR), eventualmente in concorso con ulteriori risorse nazionali e/o regionali (cofinanziamento).

In base ad apposite convenzioni eroga per conto della Regione Emilia-Romagna ulteriori contributi a titolo di aiuti di stato a valere su risorse nazionali e/o regionali (es. indennizzi a seguito calamità naturali, aiuti ai produttori in regime de minimis).

Agrea agisce anche come soggetto pagatore relativamente agli aiuti in ambito agricolo previsti dal PNRR, relativi all’ammodernamento dei frantoi oleari e all’ammodernamento dei macchinari agricoli.

Infine, svolge per la Regione Emilia-Romagna un ruolo di certificazione delle spese nell’ambito dei fondi strutturali europei (FSE+, FESR e FEAMPA) e del Fondo nazionale di Sviluppo e Coesione (FSC).